Optionalcontrasts因子ごとの対比です (既定は "contr.treatment")。真偽値の変数もこれを受け取ります。式の変数でない名前は、警告 variable 'B' is absent, its contrast will be ignored を出します。数値の変数 (応答変数を含む) はエラーです。
Optionallevels因子の水準の順序です ({ A: ["c", "a", "b"] })。R の factor(x, levels = ...) と同じ指定です。
modelMatrix のオプションです。